Las lagunas altiplánicas se encuentran en la Reserva Nacional los Flamencos. Las más destacadas son las lagunas Miscanti, Miñique, Laguna Verde y Laguna Cejar. En el caso de las lagunas Miscanti y Miñique, son alimentadas por fuentes de agua provenientes de la superficie de la tierra; también se destaca la presencia de animales como el flamenco y un hermoso paisaje de cuestas nevedas que se reflejan en el agua. Pero no nos olvidemos de la Laguna Verde, ubicada a 4325 metros sobre el nivel del mar, con un color verde esmeralda y aguas termales en la ribera sur. Finalmente, hay que destacar la belleza de la Laguna Sejar, con aguas color turquesa y un paisaje simplemente maravilloso
