独立してフリーランスになるなら、まずは今勤めている会社を退職する必要があります。
エンジニアに限らず、退職するなら1ヶ月から3ヶ月前に退職の意思を伝えるのがマナーです。
意思を伝えた後は退職届の提出や引き継ぎ資料の作成、備品の返却など、やらなければならないことがたくさんあります。
円滑に退職するためにも、【サラリーマンからフリーランスへの道〜手続き編〜】で退職フローや必要な手続きを確認しておきましょう。

ただ互いに納得して退職手続きを進められるのが理想的ですが、利害関係を考え退職を渋られる場合があるのも確かです。
法律的には退職届が受理されてから14日あれば退職できますが、法律の力を行使して退職したのでは、独立後の関係が危ぶまれるためおすすめできません。
場合によっては働いていた企業から悪い噂が流れてしまい、フリーランスエンジニアになっても仕事を手に入れられなくなることもあり得ます。
エンジニアが独立するときには円満退職をする方策を練るのが大切です。

勤め先の企業によってどんな方法で円満退職を目指すのがベストかは異なり、独立後にどんな働き方をするかによっても違います。
ただ、独立後の付き合い方を上層部と話し合うことで解決できることが多いので挑戦してみましょう。
円満退職ができないのは勤め先の人材不足になることだけでなく、自社技術が他社に漏洩してしまうリスクが生じるからです。

この場合は技術やノウハウについてどのような線引きをするかを相談したり、独立後の業務提携の仕方を考えたりすることによって解決の方向性を導き出すことができます。
互いにメリットになる道を見出すと円満な関係を続けられます。
エンジニアにとっても企業にとっても技術は重要なものなので大切にする意識があって当然です。
その折り合いをつける付き合い方を話し合ってみましょう。